L'Area Marina Protetta delle Cinque Terre è stata istituita con il decreto del Ministero dell'Ambiente del 12 dicembre 1997 e comprende i Comuni di Riomaggiore, Vernazza, Monterosso e per una piccola porzione Levanto. L'istituzione delle Aree Marine Protette è prevista da due leggi nazionali: Disposizioni per la difesa del mare (n. 979 del 31 dicembre 1982) e Legge Quadro sulle Aree Protette (n. 394 del 6 dicembre 1991).

La finalità dell'Area Marina Protetta Cinque Terre, che comprende due zone A di riserva integrale e due zone B di riserva generale a Punta Mesco e Capo Montenero e che vanta una ricchezza e varietà straordinaria di specie animali e vegetali, è quella di tutelare e valorizzare le caratteristiche naturali, chimiche, fisiche e della biodiversità marina e costiera, anche e sopratutto attraverso interventi di recupero ambientale, avvalendosi della collaborazione del mondo accademico e scientifico. Per queste ragioni sono costantemente realizzati programmi di studio, monitoraggio e ricerca scientifica nei settori delle scienze naturali e della tutela ambientale, con l'obiettivo di assicurare la conoscenza sistematica dell'area, ma anche per la promozione di uno sviluppo sostenibile dell'ambiente, con particolare riguardo alla valorizzazione delle attività tradizionali, delle culture locali, del turismo ecocompatibile e alla fruizione delle categorie socialmente sensibili.

In questi anni il Parco Nazionale e l'Area Marina Protetta delle Cinque Terre, che dal 1999 sono entrati a far parte del Santuario dei Cetacei, hanno attivato una serie di progetti con numerose aree protette italiane ed europee.